Pagrindinė grėsmė Katalikų Bažnyčiai Viduryješimtmečiai tapo eretikais - apostatais, kurie abejojo Romos popiežiaus mokymais, Evangelijos aiškinimu ir dvasininkų šventumu. Jie vedė savo idėjas žmonėms, visur sukeldami neramumų ir sukilimų. Per šį laikotarpį bažnytinis tyrimas kovojant su eretikais tapo viena iš pagrindinių disidentų pašalinimo priemonių.
Viduramžiai - šventė ir precedento neturintisbažnyčios galia. XII – XIII a. Pradžioje popiežius buvo nekaltas III. Jis paskelbė save Kristaus kunigaikščiu žemėje ir, būdamas išsilavinęs, protingas ir protingas diplomatas, padėjo visokeriopai sustiprinti savo sosto padėtį.
Jis atliko bažnyčios tyrimą kovoje suEretikai virš pasaulietiško (karališkojo) teismo, surengę Ketvirtąjį kryžiaus žygį, sumaniai naudojo skurdžių vienuolių frankų šventąją tvarką ir Šv. Dominikos ordiną, kurie buvo labai populiarūs tarp paprastų žmonių ir Innocento III protingumas sustiprino bažnyčios autoritetą.
Ateityje bažnyčios tyrimas kovojant suEretikai (inkvizicija) buvo pradėti naudoti apšvietusiems, mokslininkams ir tiesiog nepageidaujamiems žmonėms pašalinti. Vaikai su negalia fiziniame vystyme buvo paskelbti Šėtono vaikais, gražios moterys, kaip raganos, gydytojai ir akušerės, buvo apkaltintos sąmokslu su velniu. Visi jie taip pat buvo inkvizicijos aukos.
Bažnyčia visus žmones padalino į dvarus.Viršutinė klasė buvo paskelbta dvasininke, viduryje - karaliumi ir bajorais, mažiausia - tauta. Viršutinės klasės užduotis yra apsaugoti sielą iš nuodėmės, prašyti Dievo atleisti iš visų, gyvenančių žemėje. Bajorai turėjo apsaugoti karalių ir dvasininkus nuo išorinio priešo ir žmonių užduoties - šerti ir išlaikyti tuos ir kitus.
Per pamokslus dvasininkai paragino visusnuolankumas ir švelnumas, jie buvo mokomi „pažinti savo vietą“, o ne atsispirti Aukščiausiojo valiai, o ne rinkti turtus žemėje, daugiau rūpintis sielos išganymu. Nepaisant to, jie patys koncentravosi į rankas milžinišku turtu, apsirengė brangiais drabužiais ir apsupo save patogiai. Ne skurde ir bajorijoje. Žmonės buvo išlenkti skurde. Toks poliškumas negali sukelti trikdžių. Buvo tie, kurie garsiai pasmerkė „Dievo tarnų“ dvilypumą, išreiškė abejones dėl jų mokymų ir šventumo. Tai labai pakenkė popiežiaus autoritetui.
Paskelbta tokių drąsių disidentųapaštalai, eretikai (jie vykdė ereziją, įžeidė šventąją doktriną). Prasidėjo tikroji Katalikų bažnyčios kova su eretikais. Jie žiauriai naikino ne tik pačius apaštalius, bet ir jų šeimas, sukeldami galimą grėsmę.
Šios kovos pagrindas buvo baudžiamosios priemonės.Disidentai buvo paskelbti apaštalais (eretikais), jie buvo mesti į kalėjimus, laikomi nežmoniškomis sąlygomis, buvo baisiai kankinami ir galiausiai buvo nuteisti už siaubingą egzekuciją - gyvi sudeginti prie svaro.
Paprastai bažnyčios ministras buvo viename asmenyjeir prokuroras, ir tyrėjas, ir teisėjas. Atliekant bažnyčios tyrimą kovojant su eretikais, kaltinimai daugiausia buvo grindžiami denonsacijomis, kurių dauguma vėl buvo kankinami. 99 atvejais iš 100 tų, kurie pateko į inkvizicijos požemius, gyvi neišėjo. Jų turtas buvo konfiskuotas ir padalintas daugiausia tarp bažnyčios ir karaliaus. Dalis jo buvo atiduota vietos didikui, iš kurio vardo gimė eretikas.
Yra dokumentų, patvirtinančių, kad kelis šimtmečius, kol tęsėsi bažnyčios kova su eretikais, Europoje buvo sunaikinta 12 milijonų žmonių.
