Východiskový bod našej diskusie by mal byťtéza, že všetky údaje, ktoré súbor obsahuje, sú určitou logickou štruktúrou. Slúži ako základ pre softvér, pomocou ktorého je spracovaný každý konkrétny súbor. Organizácia súborového systému umožňuje napríklad správne zobrazovať informácie na displeji, poskytuje možnosti výberu, opravy. To sa dosiahne skutočnosťou, že každý prvok takéhoto systému je jedinečnou postupnosťou kódov, ktoré ho oddeľujú od iného prvku. Zachovanie a údržbu v stabilnom stave štruktúry systému zabezpečuje buď zodpovedajúca aplikácia, alebo samotný súborový systém.
V prvej možnosti sú všetky postupy so súboromspustí aplikáciu, ktorá do systému spustí príslušné požiadavky. Táto metóda je široko používaná v moderných súborových systémoch - Windows, NetWare. V druhom poskytuje štruktúrovanie súboru samotný OS, ktorý ho rozpoznáva ako jedinečnú postupnosť záznamov kódu. Za týmto účelom má každý operačný systém informácie o štruktúre každého typu súboru.
Fyzická organizácia je model umiestnenia súborov na médium (fyzické zariadenie). Najdôležitejšími parametrami účinnosti takejto organizácie sú:
- rýchlosť prístupu k informáciám;
- množstvo informácií o adrese;
- úroveň fragmentácie disku;
- maximálna veľkosť súboru.
Ukazovateľ, ako je fragmentácia, odráža narušenie organizácie systému súborov v dôsledku rozptýlenia súborov rovnakého typu na miesto na disku.
Samotný pevný disk je vyrobený z magnetuplatne určené na zaznamenávanie akýchkoľvek informácií o nich. Proces záznamu spočíva v nanesení určitých značiek na povrch platní, pričom k nepresnému označeniu dochádza v systéme súborov na disku chyba. Chyby je potrebné opraviť pomocou dostupných programov a nástrojov samotného systému, ak chyby nie sú opravené, disk sa zvyčajne naformátuje a vymažú sa z neho všetky údaje. Systém súborov na disku obsahuje klastre, ktoré sa považujú za štandardnú jednotku miesta na disku. Klaster je bunka určitej veľkosti, ktorá sa zúčastňuje spracovania v nej obsiahnutých informácií. Veľkosť tejto bunky je určená buď automaticky, alebo logickým formátovaním. Sada klastrov tvorí diskový oddiel, t.j. časť fyzického média. Jedinečná organizácia systému súborov na disku zahŕňa rozdelenie fyzického zariadenia na oddiely s cieľom:
- existovali obmedzenia týkajúce sa veľkosti konkrétneho operačného systému nainštalovaného v počítači;
- rozdeliť priestor medzi používateľov alebo rozdeliť disk na tematické sekcie;
- musíte nainštalovať iný operačný systém.
Moderné operačné systémy sú schopné účinne podporovaťnajrozmanitejšie typy sekcií a rozdeľovať ich podľa funkčného účelu. Najbežnejším modelom na oddelenie typov je vytvorenie primárneho, primárneho a sekundárneho oddielu.
Rozdelenie disku sa vykonáva pomocou postupulogické formátovanie. Táto organizácia súborového systému je procesom transformácie mediálneho priestoru tak, aby spĺňal požiadavky konkrétneho operačného systému. Súčasne je veľmi dôležité dodržiavať štandardy formátovania, ktoré stanovujú pravidlá pre číslovanie diskov, pomenovávanie a určovanie stavu. Moderné operačné systémy najčastejšie delia disk na dve oblasti - systémový a dátový priestor. Prvý slúži na ovládanie dátovej oblasti. Druhý slúži na umiestnenie informácií o súboroch a adresároch. Informácie použité počas počiatočného zavedenia počítača sú vždy umiestnené v prvom (zavádzacom) sektore disku.