Napriek tomu, že prvá univerzita v Rusku,v Petrohrade sa otvorilo vyučovanie, ktoré bolo usporiadané v súlade so západoeurópskymi štandardmi, história vysokoškolského vzdelávania sa u neho nezačína. Prvou vysokoškolskou inštitúciou v Moskovskom kráľovstve bola Slovansko-grécko-latinská akadémia, ktorá pripravovala hlavne prekladateľov, ktorí hovorili jazykmi susedných veľkých mocností.
Prvá univerzita po vzoreZo západoeurópskych vzdelávacích inštitúcií sa stala Petrohradská štátna univerzita, za deň ktorej sa považuje 28. január 1724. Univerzita však prvýkrát nevyšla a čoskoro bola pre nedostatok študentov zatvorená a svoju prácu obnovila až v roku 1819.
Oficiálna verzia hovorí, že súčasnáuniverzita sleduje svoje predky až po Petrov dekrét, aj keď sa mnoho vedcov hlási k alternatívnemu pohľadu. Podľa alternatívneho názoru bola moderná univerzita Petrohradskej štátnej univerzity vytvorená na základe Hlavného pedagogického ústavu, ktorý bol zase reorganizovaným Učiteľským seminárom založeným v roku 1786.
Avšak, v sovietskych časoch, mýtus okontinuita súčasnej univerzity a inštitúcie, ktorú vytvoril Peter I. Súčasné vedenie krajiny a samotná vzdelávacia inštitúcia sa hlási k rovnakému uhlu pohľadu. Podľa oficiálnej histórie sa teda Petrohrad považuje za prvú univerzitu v Rusku. V roku 1999 sa slávilo 275. výročie univerzity. Takto sa potvrdila legenda o prvej univerzite v Rusku na najvyššej úrovni. Napriek všetkým problémom pri určovaní historického prvenstva zostáva Petrohradská univerzita dnes jednou z najprestížnejších vysokých škôl v krajine.
Napriek tomu, že univerzita v Moskve bolaorganizovaná o tridsať rokov neskôr ako Petrohrad, jej história, na rozdiel od prvej, nebola prerušená. Nemožno teda pochybovať o dátume jeho založenia, ktorý bol spoľahlivo stanovený na základe dekrétu cisárovnej Alžbety Petrovna, podpísaného 24. januára 1755. V deň založenia univerzity študenti každoročne slávia Deň Tatiany, ktorý sa považuje za sviatok všetkých ruských študentov. Na rozdiel od oficiálneho pohľadu sú si niektorí historici istí, že Moskva je prvou univerzitou v Rusku.
Prvá budova univerzity sa nachádzala na Krasnajanámestie, na mieste moderného Historického múzea. Keďže v osemnástom storočí bola univerzita štátnou inštitúciou, bola priamo podriadená riadiacemu senátu a pre jej profesorov platili špeciálne podmienky pre súd a prepustenie.
Už v 18. storočí univerzita získalavlastná tlač, gymnázium a v roku 1791 získal právo udeľovať akademické tituly. Počet študentov však v čase založenia Moskovskej štátnej univerzity bol iba sto ľudí.
Významné zmeny v študentskom životedošlo v roku 1804, keď bola prijatá nová charta cisárskej moskovskej univerzity. Teraz ju mala riadiť univerzitná rada na čele s rektorom, ktorú napriek tomu osobne schválil cisár.
S históriou Moskovskej štátnej univerzity boli vždy neoddeliteľne spojenéMoskva a jej intelektuálna elita. Dnes je univerzita najväčšou a jednou z najprestížnejších univerzít v krajine. Univerzita má k dispozícii viac ako šesťsto budov a štruktúr, z ktorých najznámejšia je hlavná budova na Vorobyových Gory.
V roku 2017 v štruktúre univerzityexistuje štyridsaťjeden fakúlt. Výskumné ústavy aktívne fungujú a rozvíjajú sa a pracujú v úzkom spojení s vedeckými štruktúrami Akadémie vied.
Okrem moskovských budov existujú ajpobočky univerzity v mestách ako Sevastopol, Astana, Jerevan, Baku, Biškek, Taškent a Dušanbe. Každá z pobočiek významnou mierou prispieva k rozvoju intelektuálneho prostredia miest, v ktorých sa nachádza.
Kazanská univerzita bola otvorená v roku 1805 asa okamžite stalo jedným z najdôležitejších centier vedeckých centier. Nie príliš centrálna poloha na mape Ruska navyše umožňovala zachovať na univerzite určitú úroveň slobody, čo z Kazane urobilo centrum príťažlivosti pre študentov milujúcich slobodu.
Kazanská univerzita z konca 19. storočiasa stal centrom socialistického hnutia vďaka niekoľkým študentským kruhom, ktorých sa zúčastnil mladý Vladimir Lenin. Bolo to na jeho počesť, keď bola univerzita v roku 1924 pomenovaná.
Okrem univerzít založených na príkazalebo iný ruský panovník, na území Ruskej ríše existovali ďalšie vysoké školy. Napríklad Dorpatská cisárska univerzita bola organizovaná na príkaz švédskeho kráľa Gustáva II. V roku 1632, keď Dorpat, dnešný estónsky Tartu, bol pod švédskou nadvládou.
Na univerzite sa až do roku 1710 učilovýlučne vo švédčine, potom prisťahovalci z nemeckých krajín zaujímali dominantné postavenie v meste a na univerzite, a preto sa výučba uskutočňovala v nemčine. História univerzity však bola prerušená v polovici osemnásteho storočia. Práce opäť obnovil až v roku 1802 dekrétom Pavla I., ktorý zakazoval vysielať študentov študovať do zahraničia. Rovnako ako na iných univerzitách Ruskej ríše sa výučba v novej vzdelávacej inštitúcii uskutočňovala v ruštine.
Po páde autokracie a porážke Ruska v prvej svetovej vojne sa v Dorpat začalo prenasledovanie rusky hovoriacich profesorov a študentov a samotná univerzita bola evakuovaná do Voroneže.
Práve na základe Dorpatovej vznikla Voronežská štátna univerzita. A Voronežské múzeum umenia pomenované po Kramskom bolo vytvorené na základe zbierky galérie Dorpat.
Po pripojení Estónska k ZSSR začala výučba vuniverzita pokračovala v ruštine, práve tentoraz sa stal rozkvetom miestnej vedy. Celosvetovú slávu univerzite priniesla práca Jurija Michajloviča Lotmana a jeho filologickej školy, ktorá sa do histórie zapísala pod menom Tartusskaya.
Po získaní nezávislosti Estónska a vyhlásení estónčiny za jediného štátneho jazyka sa výučba na univerzite uskutočňuje v estónčine a angličtine.
Univerzita je dobre integrovaná do európskeho a medzinárodného vzdelávacieho systému. V rámci európskeho programu Erazmus má veľa medzinárodných výmenných programov.
