На практиці нерідко зустрічаються ситуації, колиорганізація веде кілька різних видів діяльності. При цьому деякі з них підпадають під ЕНВД, а по відношенню до інших застосовується загальний податковий режим або повинен сплачуватися єдиний податок за ССО. Згідно HK РФ, дана категорія платників податків зобов'язана організувати окремий облік, постановка якого в більшості випадків викликає безліч питань.
Як правило, найбільш важким єрозмежування операцій, що підлягають і не підлягають оподаткуванню ПДВ. Ст. 170 HK говорить, що в разі відсутності окремого обліку по придбаних товарах, активів і майнових прав, платник податку позбавляється права на відрахування. Комерційні структури, які сплачують єдиний податок на поставлений дохід і які застосовують загальну систему, повинні керуватися наступними правилами:
Правомірний розмір відрахування розраховується, виходячизі співвідношення вартості відвантаженої продукції, що підлягає обкладенню ПДВ, до сукупної вартості товару, відвантаженого за податковий період. Необхідно підкреслити, що пропорційний метод повинен застосовуватися тільки тоді, коли неможливо визначити, яка частина продукції використовується для діяльності, що підпадає під єдиний податок на поставлений дохід. Якщо на підприємстві існує можливість чіткого розмежування товарів, то дані обчислення проводити не обов'язково.
Також варто відзначити, що законодавство невизначає конкретних методик для ведення окремого обліку, залишаючи рішення цього питання на розсуд платників податків. Проте, організації, які сплачують єдиний податок на поставлений дохід поряд із загальним оподаткуванням, не повинні заявляти до відрахування зайвий ПДВ, а потім відновлювати його в майбутніх періодах. У зв'язку з цим необхідно зупиниться на помилку, періодично зустрічається на практиці: підприємство оприбутковує всю продукцію на оптовий склад і заявляє ПДВ до відрахування, потім, у міру необхідності, товари передаються в роздрібну мережу і відповідний ПДВ сторнується в рамках поточного кварталу або відновлюється в наступних податкових періодах. Даний варіант обліку суперечить правилу розрахунку пропорції, описаного в НК РФ, крім того, він кваліфікується арбітражними судами як спосіб формування необгрунтованої податкової вигоди шляхом неправомірного заяви ПДВ до відрахування з бюджету. Щоб уникнути проблем в подібних ситуаціях платникам податку рекомендується або слідувати приписам законодавства, розраховуючи пропорції, або пред'являти податок до відрахування в більш пізній період, коли обсяг продукції, реалізованої оптом, буде чітко визначено.
На підприємства, які застосовують УСН або загальнусистему, а також перераховують єдиний податок на поставлений дохід, покладено обов'язок щодо ведення окремого обліку витрат, в тому числі і витрат на оплату праці, що необхідно для правильного оподаткування прибутку. Якщо структура організації чітко розмежована, то з виконанням цієї вимоги не виникає проблем, але часто певну частку витрат неможливо прив'язати до конкретного виду діяльності. Наприклад, витрати на утримання загального складу і адміністративного апарату відносяться до обслуговування фірми в цілому. В даних випадках також слід застосовувати метод пропорції. Витрати розподіляються згідно із співвідношенням обсягу виручки по кожному напрямку до суми валового доходу компанії.
Подібна ситуація виникає і при обліку основнихкоштів підприємства. Активи, що використовуються для діяльності, на яку поширюється єдиний поставлений податок, не обкладаються податком на майно. При цьому деякі об'єкти задіяні у всіх сферах роботи підприємства. Для того щоб розрахувати базу по майновому податку, необхідно помножити залишкову вартість цих основних засобів на частку виручки від бізнесу, оподатковуваного за загальною системою.
