Колекції музею Дарвіна, так само як і сам музей,могли б ніколи не існувати, якби не Олександр Федорович Котс, який з дитячих років захоплювався зоологією, колекціонуванням та винятковим інтересом до всього живого. Як біолога він в 19-річному віці (1899 рік) відправився в Сибір, де зібрав колекцію опудал птахів, які принесли йому медаль на виставці одного з Всеросійських товариств.
Далі юнак співпрацював з відомимтаксидермістом Ф. Лоренцем, де отримував зарплату тими ж опудалами (які лягли в основу домашньої колекції), навчався в університеті, відвідував іноземні музеї, де ознайомився з теорією Дарвіна, читав лекції з анатомії на Вищих жіночих курсах у Москві, в приміщення яких і переїхала приватна колекція (1907 рік). До 1964 року О. Котс був беззмінним директором Зборів, котрий пережив революції та війни, але тільки в 1995 році для музею Дарвіна було виділено гідне приміщення на вул. Вавилова (будинок 57).
Маленькі відвідувачі музею Дарвіна можутьзаписатися на курси юних біологів або відвідувати ізостудії і майстер-класи, крім того, в музеї можна купити абонементи на відвідування програм, в тому числі в різні культурні установи Москви. Для дітей старшого віку можуть бути цікаві відеоекскурсії по тематиці древніх птахів, еволюції, доісторичних світів, в тому числі у форматі 3D. У залах зоогеографии можна побачити чудово виконані опудала звірів з різних куточків планети, представлені в декораціях, схожих з їх природним середовищем проживання. На стінах розміщені зразки хутра тварин, які можна погладити. В експозиції мікроеволюції можна на інтерактивному пристрої спробувати «зібрати» з різних частин птицю, яка заспіває свою пісню, якщо завдання буде виконано правильно.
Зоологічний музей Дарвіна в Москві проводитьсвята, присвячені тієї чи іншої події, в тому числі: Дню сім'ї, Дню Землі, Дня птахів, Дню молодого еколога, Дню матері або навіть Дню Лісовика (етнопразднік). Також є можливість відвідати музей вночі (18 травня) або замовити для групи дітей святкування дня народження (включає велику екскурсію і чаювання в дитячій кімнаті). На такий захід можуть бути запрошені і самі діти (до 16 років), і діти з дорослими (групи не більше 20-35 чоловік).