Sredinom 15. stoljeća najvažniji zadatak, ss kojim se Ivan III morao nositi, bilo je pripajanje Velikog Novgoroda Moskvi. Ali on nije bio jedini kandidat za ove zemlje. Veliko vojvodstvo Litvanija također je pokušalo zatražiti svoja prava na njih.
Nije tajna da je povijest Moskve uvijek bila bliskapovezan s Novgorodom. Korijeni samog sukoba sežu u feudalni rat koji je izbio među potomcima kneza Dmitrija Donskoja, a trajao je nekoliko desetljeća - od 1425. do 1453. godine.
Glavne zaraćene strane bile suVasilij Dark i Dmitrij Šemjaka. Nakon poraza u bitci za vlast, potonji se sklonio u Novgorod. 1449. godine, Vasilij Mračni uspio je zaključiti za sebe profitabilan sporazum s litvanskim princom i tadašnjim poljskim kraljem Kazimirom IV. Da svaka strana neće prihvatiti međusobne političke protivnike na svom teritoriju. Uz to, Litva je pristala odustati od zadiranja u Novgorod. Nakon 4 godine, Vasilij je, uz pomoć svojih odanih ljudi, otrovao Šemjaku.
Povijest Velikog Novgoroda zna mnogekrvave bitke. Jedan od njih dogodio se 1456. godine u blizini grada zvanog Rusa. Tada su ga moskovske trupe uspjele uzeti prilično lako i gotovo bez otpora. No ubrzo ih je napala novgorodska konjica. Moskovljani su se pod vodstvom svojih zapovjednika Strige i Basenoka sakrili iza snijegom prekrivenog brda. Počeli su gađati strijele ne na novgorodske vojnike, već na njihove konje. Došlo je do zabune. Novgorođani su bili odjeveni u teški oklop, pa se nisu mogli boriti ravnopravno s Moskovljanima. Kao rezultat toga, većina bojara je zarobljena ili ubijena.
Tako je Moskva odnijela potpunu pobjedu nadNovgorod. Istodobno, broj vojnika prve strane bio je 20 puta manji od druge. Nakon izvjesnog vremena u Yazhelbitsyu, Vasilij Mračni primio je veleposlanstvo na čelu s novgorodskim nadbiskupom Eutimijem II s ciljem sklapanja mirovnog sporazuma. Nakon kratkih pregovora, stranke su potpisale bilateralni sporazum. Prema njemu, gubitnici su morali pobjedniku platiti prilično velik doprinos u iznosu od 8 tisuća rubalja. Ali do pripojenja Novgoroda Moskvi nije došlo. Do sada je ostao neovisan.
Povijest Novgoroda kaže da je on još 1136. godinepostala prva slobodna republika koja se nalazila na teritoriju Kijevske Rusije. Imao je takvu demokratsku instituciju kao što je veche. To je trajalo do događaja koji su doveli do pripojenja Novgoroda Moskvi. No, unatoč tome, nisu svi građani bili za neovisnost svojih zemalja i bili su spremni boriti se za nju.
Vrijedi napomenuti činjenicu da prava običnih,siromašni građani često nisu bili promatrani, a najsiromašnijem stanovništvu, koje su činili smerdovi, općenito je oduzeto pravo pohađanja veče. Jaz između siromašnih i bogatih bio je prevelik, pa obični Novgorodci nisu bili željni da se bore s Moskvom za prava bojara.
Godine 1460. veliki knez Vasilij Vasiljevičstigao s ambasadom u Novgorod na pregovore. Ali građani su mu se usprotivili i čak su ga pokušali ubiti. Tako je izbio još jedan sukob, koji je razriješio biskup Jona, koji je zastrašio Novgorodce invazijom Tatara zajedno s Moskovljanima.
3 godine nakon što je Moskva posjetila Novgorodknez ove republike odbio je vojnu potporu Pskovu, koji je tražio da mu pomogne u borbi protiv napada livonskih vitezova. Pomoć je stigla iz Moskve. Nakon toga, Novgorod je zauzeo otvoreno neprijateljski stav u odnosu na Pskov. Ovaj put mudra politika kneza Ivana III. riješila je sukob.
Novgorodska elita je uvijek bila podstalni pritisak dviju susjednih prilično moćnih država - Moskve i litavske kneževine. Bojari su savršeno dobro razumjeli da će moći sačuvati svoje posjede samo ako sklope savez s jednim od njih.
Povijest Moskve ukazuje na to danesuglasice oko aneksije zemalja postojale su u samom Velikom Novgorodu. Bojari su se borili za savez s litavskom kneževinom, jer su se nadali zadržati sve svoje privilegije, dok su obični građani podržavali moskovskog cara, jer su u njegovoj osobi vidjeli prije svega pravoslavnog vladara.
Razlog koji je poslužio za pohod u svibnju 1471. godinegodine o Velikom Novgorodu kružile su glasine koje su navodno svjedočile da je većina bojara, na čelu s Martom Boretskaya, udovicom gradonačelnika, potpisala sporazum s litavskom stranom o vazalnoj ovisnosti. Mnogi povjesničari smatraju da su te glasine bile samo razlog za odmazdu. Ali još uvijek postoji činjenica da su Novgorodci tražili od litavskog princa da postane njihov namjesnik. Osim toga, još uvijek su nastojali stvoriti vlastitu crkvu, neovisnu o Moskvi. Zato je pohod na Veliki Novgorod imao oblik rata protiv otpadnika i za obnovu pravoslavne vjere.
Ovaj put vojna akcija protiv republikeje na čelu bio moskovski knez Daniil Kholmsky. Moram reći da je to bio priličan rizik, budući da je proljeće te godine bilo prilično hladno, a velika količina snijega koji se još nije otopio mogla je značajno usporiti napredovanje trupa. Ali kampanja se nije mogla odgoditi. Zlatna Horda i litavska kneževina bili su spremni priskočiti u pomoć Novgorodu.
Prvih dana pohoda gotovo da nije bilo bitaka.Moskovska vojska je bez napora zauzela gradove republike jedan za drugim. Bitka kod Shelona odigrala se tek sredinom srpnja. Novgorodska vojska, koja se sastojala od 40 tisuća ljudi, i vojska od 12 tisuća njihovih neprijatelja, okupila se na bojnom polju. Konačan ishod ove bitke odlučio je snažan napad moskovske konjice. Slabo organizirani Novgorodci nisu mogli izdržati takvu navalu.
Dva tjedna nakon bitke kod Šilona, dogodila se još jedna bitka u blizini rijeke Shilengi. Završilo je i pobjedom Moskovljana. Nakon toga započeli su pregovori o sklapanju mira u Korostynu.
Kao rezultat toga, Novgorod je morao napustitipokroviteljstvo poljsko-litvanskog kralja Kazimira IV. Osim toga, poraženi su platili oko 15 tisuća rubalja, a također su zapravo priznali prevlast moskovskog kneza. Tako je pohod 1471. bio više nego uspješan. Dokazao je da se obični Novgorodci, za razliku od bojara, ne žele boriti sa svojim susjedima.
Djelomično je sudbina ove republike već bila unaprijed određena. Ali konačno pripajanje Novgoroda Moskvi dogodit će se tek nakon 7 godina.
U proljeće 1477. nije to bio prvi Novgorodveleposlanstvo je stiglo u Moskvu. Ali pokazalo se da to nije poslala vječnost, nego šačica bojara. Željeli su što prije i konačno priznanje prevlasti Moskve, što bi im dalo pravo da sačuvaju sve svoje zemlje i bogatstva. O tome su saznali u Novgorodu. Na sljedećoj večeri ubijeno je nekoliko promoskovskih bojara, a na vlast su došli pristaše litavskog kneza. Ali njihova je vladavina bila kratkog vijeka.
U listopadu 1477. posljednji pohod protivrepublike pod vodstvom Ivana III. Ovaj put novgorodska vojska nije napustila grad. Počeli su dugi pregovori. Nakon 2 mjeseca konačne zahtjeve postavili su Moskovljani. Oni su se sastojali u ukidanju posadskog položaja i prestanku postojanja veče. Novgorodci su se složili s ova dva zahtjeva, ali se rasprava o očuvanju svojih posjeda od strane bojara otegla. Na kraju su ipak morali dati samostanske i suverene zemlje moskovskom knezu. Time su pregovori završeni. Dana 15. siječnja moskovski knez i njegova pratnja, u pratnji odreda, bez borbe su ušli u grad.
U povijesti je 1478. godina aneksije Novgorodau Moskvu. Ratovi su konačno gotovi. Ovaj put nije bilo pogubljenja, ali su mnoge bojarske obitelji protjerane iz Novgoroda. Među njima je bila i posadnica Martha Boretskaya sa svojim unukom. Kasnije je postrižena u časnu sestru, a imovina joj je zaplijenjena.
Kada je došlo do pripojenja Novgoroda Moskvi,svim zemljama počeše upravljati 4 namjesnika, koji su imali pravo raspolagati baštinom i voditi sudove. Trgovina, poljoprivreda i industrija sada su se odvijale pod kontrolom nove vlasti.
Bojarsko vodstvo i veche su eliminirani.Izvađeno je veče zvono, simbol neovisnosti Velikog Novgoroda. Od tog trenutka postao je sekundarni grad, a posjedi Moskovije gotovo su se udvostručili. Tako je završila povijest Velikog Novgoroda kao republike koja je postojala više od tri stoljeća.