Упркос чињеници да је први универзитет у Русији,настава у којој је била уређена у складу са западноевропским стандардима, отворена је у Санкт Петербургу, историја високог образовања не почиње од њега. Прва високошколска установа у Московском краљевству била је Славенско-грчко-латинска академија, која је обучавала углавном преводиоце који су говорили језике суседних великих сила.
Први универзитет по узору наЗападноевропске образовне институције, постао је Санкт Петербург државни универзитет, чији се датум сматра 28. јануар 1724. године. Међутим, први пут универзитет није успео, а убрзо је, због недостатка студената, затворен и наставио је са радом тек 1819.
Званична верзија каже да је актуелнауниверзитет води своје порекло од Петровог декрета, иако се многи научници придржавају алтернативног гледишта. Према алтернативном мишљењу, савремени универзитет Санкт Петербургског државног универзитета је створен на основу Главног педагошког института, који је, заузврат, био реорганизована Учитељска богословија, основана 1786. године.
Међутим, у совјетско време, мит оконтинуитет садашњег универзитета и институције коју је створио Петар И. Садашње руководство земље и сама образовна институција придржава се истог гледишта. Дакле, према званичној историји, Санкт Петербург се сматра првим универзитетом у Русији. 1999. године свечано је прослављена 275. годишњица универзитета. Тако се легенда о првом универзитету у Русији потврдила на највишем нивоу. Упркос свим потешкоћама у дефинисању историјског примата, Универзитет у Санкт Петербургу и данас остаје једна од најпрестижнијих високошколских установа у земљи.
Упркос чињеници да је универзитет у Москви биоорганизован тридесет година касније од Петербурга, његова историја, за разлику од прве, није прекинута. Дакле, не може бити сумње у датум његовог оснивања, који је поуздано утврђен на основу указа царице Јелисавете Петровне, потписаног 24. јануара 1755. године. На дан оснивања универзитета, студенти сваке године славе Татјанин дан, који се сматра празником свих руских студената. За разлику од званичног гледишта, неки историчари су сигурни да је Москва први универзитет у Русији.
Прва зграда универзитета налазила се на Краснојтргу, на месту савременог Историјског музеја. Пошто је у осамнаестом веку универзитет био државна установа, био је директно потчињен Правитељствујушчем сенату, а за његове професоре постојали су посебни услови суда и разрешења.
Већ у 18. веку универзитет је стекаосопствену штампу, гимназију и 1791. добио право на доделу академских степена. Међутим, број студената у време оснивања Московског државног универзитета био је само сто људи.
Значајне промене у студентском животудогодила се 1804. године, када је усвојена нова повеља Царског московског универзитета. Њиме је сада требало да управља Универзитетски савет, на челу са ректором, који је, ипак, лично одобрио цар.
Историја Московског државног универзитета је увек била нераскидиво повезана саМосква и њена интелектуална елита. Данас је универзитет највећи и један од најпрестижнијих универзитета у земљи. Универзитет има на располагању више од шест стотина зграда и објеката, од којих је најпознатија главна зграда на Воробјовој Гори.
2017. у структури универзитетапостоји четрдесет један факултет. Истраживачки институти активно функционишу и развијају се, радећи у блиској вези са научним структурама Академије наука.
Поред московских зграда постоје иогранци универзитета у градовима као што су Севастопољ, Астана, Јереван, Баку, Бишкек, Ташкент и Душанбе. Сваки од огранака даје значајан допринос развоју интелектуалног окружења градова у којима се налази.
Казански универзитет је отворен 1805. годинеодмах постао један од најважнијих центара научних центара. Поред тога, не баш централна позиција на мапи Русије омогућила је одржавање одређеног нивоа слободе на универзитету, што је Казан учинило центром привлачности за студенте који воле слободу.
Казањски универзитет крајем деветнаестог векапостао центар социјалистичког покрета захваљујући неколико студентских кружока у којима је учествовао млади Владимир Лењин. У његову част је универзитет добио име 1924. године.
Поред универзитета основаних по налогу оили другог руског монарха, на територији Руске империје постојале су и друге више школе. На пример, Царски универзитет Дорпат је организован по налогу шведског краља Густава ИИ 1632. године, када је Дорпат, данашњи естонски Тарту, био под шведском влашћу.
До 1710. универзитет је предаваоискључиво на шведском, након чега су досељеници из немачких земаља заузели доминантан положај у граду и на универзитету, па се настава одвијала на немачком језику. Међутим, историја универзитета прекинута је средином осамнаестог века. Поново је наставио са радом тек 1802. декретом Павла И, који је забранио слање студената на студије у иностранство. Као и на другим универзитетима Руске империје, настава у новој образовној установи се одвијала на руском језику.
После пада аутократије и пораза Русије у Првом светском рату, у Дорпту је почео прогон професора и студената који говоре руски, а сам универзитет је евакуисан у Вороњеж.
На основу Дорпата је створен Вороњешки државни универзитет. А Вороњешки уметнички музеј назван по Крамском је настао на основу колекције галерије Дорпат.
Након присаједињења Естоније СССР-у, наставу ууниверзитет је настављен на руском, то је време које је постало врхунац локалне науке. Делатност Јурија Михајловича Лотмана и његове филолошке школе, која је ушла у историју под именом Тартус, донела је светску славу универзитету.
Након стицања независности Естоније и проглашења естонског за једини државни језик, настава на универзитету се изводи на естонском и енглеском језику.
Универзитет је добро интегрисан у европски и међународни образовни систем. Има много међународних програма размене у оквиру европског програма Еразмус.
