Конформацията (структурата) на пептидната веригае поръчано и уникално за всеки протеин. При специални условия се разкъсва голям брой връзки, които стабилизират пространствената структура на молекулата на съединението. В резултат на разкъсването, цялата молекула (или значителна част от нея) има формата на неправилна бобина. Този процес се нарича "денатуриране". Тази промяна може да бъде провокирана чрез нагряване от 60 до 80 градуса. По този начин, всяка молекула, получена в резултат на разкъсването, може да се различава в конформацията от другите.
Денатурирането на протеините се извършва под влиянието навсякакви средства, способни да разрушават нековалентни връзки. Този процес може да се появи при алкални или киселинни условия, на повърхността на секцията фаза, под влиянието на някои органични съединения (феноли, алкохоли и други). протеин денатуриране може да се получи под влиянието на гуанидин хлорид или карбамид. Споменатите средства образуват слаби връзки (хидрофобни, йонни, водород) с карбонилни или амино групи на пептидния скелет с редица групи на аминокиселинни остатъци, замествайки собствените си разположение протеин водородни връзки в молекулите. В резултат на това има промяна във вторичната и третичната структура.
Устойчивост на действието на денатуриращи агентизависи главно от присъствието в молекулата на протеиновото съединение на дисулфидните връзки. Трипсиновия инхибитор има три S-S връзки. При условие на тяхното редуциране, протеиновата денатурация настъпва без други влияния. Ако след това съединението е поставено при условия, при които се извършва окисляването на SH-групи цистеин и образуването на дисулфидни връзки, първоначалната конформация ще бъде възстановена. Освен това, присъствието дори на една дисулфидна връзка значително увеличава стабилността в пространствената структура.
Денатурирането на протеина обикновено се придружава отнамаляване на неговата разтворимост. В същото време често се образува утайка. Изглежда под формата на "коагулиран протеин". Когато концентрацията на съединенията в разтвора е висока, "коагулацията" преминава през целия разтвор, като например при готвене на пилешки яйца. По време на денатурирането протеинът губи своята биологична активност. Този принцип се основава на използването на карболова киселина (воден фенолов разтвор) като антисептично вещество.
Нестабилността на пространствената структура,високата вероятност за разрушаване под въздействието на различни агенти значително усложняват изолирането и изследването на протеина. Съществуват и някои проблеми, когато се използват съединения в промишлеността и медицината.
Ако денатурирането на протеина е извършено отефектът от високите температури, след това при бавно охлаждане при определени условия се осъществява процес на възобновяване - възстановяването на естествената конформация. Този факт доказва, че полагането на пептидната верига се извършва в съответствие с първичната структура.
Образуване на естествена конформация (оригиналаместоположение) е спонтанен процес. С други думи, това устройство съответства на минималното количество свободна енергия, затворена в молекулата. В резултат на това може да се заключи, че пространствената структура на съединението е кодирана в аминокиселинната последователност в пептидните вериги. Това на свой ред означава, че всички полипептиди, подобни на аминокиселинната последователност (напр. Пептидни вериги на миоглобин), ще имат еднаква конформация.
Протеините могат да имат значителни разлики в първичната структура, дори ако те са практически или абсолютно идентични в конформацията.
